หลังจากงานที่วังฟาร์เนเซแล้วก้ไม่ทราบว่าอันนีบาเลเขียนภาพอีกเท่าใด ในปี ค.ศ. 1606 อันนีบาเลลงชื่อบนภาพเขียน “พระแม่มารีกับถ้วย” (Madonna of the bowl) แต่หลังจากเดือนเมษายน ค.ศ. 1606 คาร์ดินัล โอโดอาร์โดก็บ่นว่า “อารมณ์ขันอันเศร้า” (heavy melancholic humor) ทำให้ไม่สามารถเขียนภาพให้ท่านได้ ตลอดปี ค.ศ. 1607 อันนีบาเลก็ไม่สามารถทำงาน “การประสูติของพระเยซู” ที่รับจ้างจากดยุคแห่งโมดีนาสำเร็จ

อันนีบาเลเสียชีวิตในปี ค.ศ. 1609 และถูกฝังตามที่ได้สั่งไว้ใกล้ราฟาเอลในตึกแพนธีออน (Pantheon) ในกรุงโรม